La genealogía que se desarrollará está basada fundamentalmente en el resumen del expediente que siguió José Gabriel Condorcanqui ante la Real Audiencia de Lima, en 1977, en el que detalla su ascendencia directa con los últimos soberanos del Imperio de los Incas. Este resumen se halla en el Archivo General de Indias en Sevilla, en la Sección Audiencia de Lima, Legajo Nº1619, que, obtenido en fotocopia en el año 1935, sirvió para ser publicado en el Tomo X de la Colección 'Tos Pequeños Grandes Libros de Historia Americana", en Lima, año 1946. El expediente completo al que se refiere el resumen en mención, no ha sido hallado; según se refiere, tal expediente original consta de más de 500 páginas, en 4 cuadernos, al que se acompañan probanzas auténticas.

El expediente se refiere al proceso seguido por don Diego Felipe Betancour, y su apoderado don Vicente José García, sobre su descendencia de Felipe Túpac Amaru I, que José Gabriel Condorcanqui Túpac Amaru II hace ver es falsa.

El historiador Francisco A. Loayza interpreta la intervención de Túpac Amaru II en este proceso, como que perseguía como cosa fundamental oficializar su genealogía auténtica pues dice, "previsor, cauto y legalista quería instrumentos legitimo, títulos saneados para, si lograba quebrantar el yugo español, restaurar y ocupar el trono imperial de sus antecesores" el reconocimiento de su ascendencia significaba posesiones de la jefatura de los indígenas, incluyendo a otros que dificultaban sus planes revolucionarios dividiendo a los indios. Esto obedecía a un acto político sumamente importante con el fin de aparecer con antelación como jefe nato e indiscutible de los naturales del antiguo imperio de los incas.

Parece ser que Túpac Amaru II no consiguió formalmente tal reconocimiento, pero si de hecho llego a tener éxito, ya que antes del movimiento revolucionario de 1780 el y sus familiares se presentaban en público con incas.

Iniciaremos la descripción de su genealogía partiendo de Huayna Cápac, soberano del Imperio Incaico hasta el año de 1525. Hasta llegar a Túpac Amaru II veremos 7 generaciones.

Huayna Cápac se casó primero con su hermana mayor Cusirimay o Pilcohuaco, con quien tuvo una hija, Ninan Cuyuchi. Al no tener hijos varones se le permitió casarse también legítimamente con su segunda hermana Rahua Ocllo y con su prima hermana Mama Runtu las cuales así fueron consideradas Coyas. Con Rahua Occllo tuvo a Inti Cusihualpa o Huáscar y con Mama Runtu tuvo dos hijos a Manco Inca y a Paullu Túpac Yupanqui, quién con posterioridad fue cristianamente bautizado con el nombre de Cristóbal.

Huayna Cápac en su expedición y residencia en Quito, con la princesa quiteña Tocta Cuca tuvo hijo a Atahualpa.

Manco Inca casó primero con la Coya Corasí, que fue estéril y a la que mataron los españoles.

Otros hijos de Manco Inca fueron Sairi Túpac y Titu Cusi Yupanqui.

En su refugio de Vilcabamba, con la Coya Sisa Tocto Hoyo tuvo por hijo a Felipe Túpac Amaru I, en 1544. Debe recordarse que, aunque colocado Manco Inca por Francisco Pizarro en 1534 como soberano del Perú lejos de aceptar un dócil y mero instrumento de los conquistadores en 1536 se sublevó atacando a los españoles en el Cuzco, dándoles uno de los mayores golpes que sufrieron. Derrotado Manco Inca se retiró a las montañas de Vilcabamba desde donde hostilizó con frecuencia a los españoles hasta que fue muerto en 1544.

A Manco Inca sucedió su hijos Sairi Túpac, que desde Vilcabamba siguió rebelándose contra la dominación española hasta que pacíficamente se rindió afines de 1557 ante el Virrey Andrés Hurtado de Mendoza, Marques de Cañete. Ante este hecho, el otro hijo de Manco Titu Cusi Yupanqui persistió en continuar la resistencia. Estando al frente del Virreynato el Licencia don Lope García de Castro, este tuvo como uno de sus primeros cuidados la reducción del Inca Titu Cusi, con quien llegó a negociar y firmar la capitulación en 1566, pero sin dejar su retiro en Vilcabamba, habiéndose en la práctica dejado de cumplir en compromiso.

Siendo Virrey don Francisco de Toledo figura entre sus instrucciones reducir a Titu Cusi, para lo cual, estando en Cuzco en 1571, envió mensajeros para entenderse con el Inca, gestiones que no tuvieron éxito ocurriendo en esos momentos la muerte de Titu Cusi. Ante esto en 1572, Toledo envió un fuerte ejercito para reducirlos; después de tenaz y brava resistencia fueron vencidos los indios, y el 27 de junio hicieron prisioneros entre otros a Túpac Amaru I y a su hija Juana Pilcohuaco y a 2 hermanos, siendo llevados a Cuzco en Setiembre. Después de un breve proceso de 2 ó 3 días, Toledo hizo ejecutar a Túpac Amaru I el 24 de setiembre de 1572.

En el citado expediente seguido por José Gabriel Condorcanqui ante la Real Audiencia de Lima consta el documento por el cual don Francisco Vilela, Protector de los naturales de Cuzco, se presentó ante el Corregidor don Pedro de Córdova y Mejía en nombre de doña Juana Pilcohuaco, que ya estaba casada con don Diego Felipe Condorcanqui, pidiendo se le recibiere información de ser hija natural de Felipe Túpac Amaru I, nieta de Manco Inca y bisnieta de Huayna Capac. Expresa que a la muerte de Felipe Túpac Amaru I, el Virrey Toledo dispuso que Juana Pilcohuaco, aún muy niña, quedara en casa de doña Teresa de Ordoñez para que la criara, siendo reconocida por todos como hija de Túpac Amaru; lo que también es declarado en 1609, por don Tristán de Silva, hijo de doña Teresa.

Juana Pilcohuaco quedó en poder y casa de doña Feliciana de Silva, su hermana, mujer del Capitán Francisco del Grado, de quien enviudó, y luego se casó con don Manuel Criado de Castilla, Corregidor de la Provincia de Canes y Canchis.

Es en esta Provincia que Juana Pilcohauco se casó con Diego Felipe Condorcanqui, Cacique de Surimana. El expediente seguido por don Francisco Vilela culmina el 20 de setiembre de 1618 con la Providencia del Virrey Príncipe de Esquilache, por la que se declara que Juana Pilcohuaco es nieta de Manco Inca e hija natural de Felipe Túpac Amaru I, y que como tal ella y sus hijos deben gozar de los privilegios dados a los descendientes de los Incas, se le señalase renta y tierras y se les honre y respete conforme a su calidad.

Esta es una de las partes fundamentales que asegura el entroncamiento de Túpac Amaru II con Huayna Cápac, pues hasta aquí está oficialmente reconocido que Juana Pilcohuaco es bisnieta de aquel Inca.

Diego Felipe Condorcanqui con Juana Pilcohuaco tienen cinco hijos: Miguel, Felipe, Baltazar, Blas y Agueda Pilcohuaco. De éstos hijos sólo quedó Blas Túpac Amaru, que llevó adelante la sucesión y heredó el Cacicazgo de Surimana y las tierras de su madre. Hasta éste punto todos los mencionados en la ascendencia de Túpac Amaru II son de sangre autenticamente india.

Blas Túpac Amaru casó con la criolla doña Francisca Torres, con lo cual la descendencia ya es mestiza. Tuvieron cuatro hijos: Bartolomé, Sebastián, Agustín y Juana Pilcohuaco, a quien se le puso el mismo nombre de su abuela.

A Bartolomé Túpac Amaru y a sus hermanos se les reconoció nuevamente su directa descendencia de los Incas, por auto de fecha 28 de noviembre de 1687 firmado en el pueblo de Tinta, Provincia de Canas y Canchis, por el Corregidor don Clemente Villavicencio. Como tal, don Bartolomé Túpac Amaru el 26 de junio de 1715, presentó ante el Corregidor de Cuzco, don Diego Esquivel Paraba y Navia, pidiendo se le nombrase uno de los 24 electores de aquella ciudad, compuesto de indios reales, a quienes compete elegir Alferez Real. Así se le nombró lo que fue confirmado por el Virrey Don Diego Ladrón de Guevara, con fecha 24 de setiembre de 1715.

Don Bartolomé que fue el mayor de los hermanos, falleció sin dejar descendientes de su matrimonio con doña Catalina Quispisisa; razón por la cual su hermano Sebastián le sucedió en el Cacicazgo, tierras y mercedes. Don Sebastián casó con doña Catalina del Camino, de cuyo matrimonio tuvo cuatro hijos: Miguel, Marcos, Manuela (o Micaela) y Antonia. El hijo mayor, Miguel Túpac Amaru, sucedió en el Cacicazgo y tierras a él anexas: el Cacicazgo se componía de tres pueblos: Surimana, Pampamarca y Tungasuca.

En primer matrimonio con doña Rosa Noguera tuvo dos hijos: Clemente, que falleció, y el 24 de marzo de 1740 a José Gabriel Condorcanqui, Túpac Amaru II, quien por línea directa femenina lleva el apellido genérico Túpac Amaru, y como apellido normal el de Condorcanqui. En segundo matrimonio con doña Ventura Monjarras en 1747, don Miguel tuvo otros hijos, entre ellos a Juan Bautista Túpac Amaru, autor de las memorias "Cuarenta años de cautiverio", editado en Lima como el Tomo 1 de la colección "Los Pequeños Grandes Libros de Historia Americana".

Al fallecer su padre, José Gabriel Condorcanqui era aún menor de edad, por lo que fueron sus tutores y caciques interinos su tío materno don José Noguera y luego su tío paterno don Marcos Túpac Amaru.

En la misma generación de José Gabriel se tienen como actores principales en el movimiento revolucionario de 1780 y su prosecución, a sus primos Diego Cristóbal Túpac Amaru y Cecilia Túpac Amaru, ambos hijos de Marcos Túpac Amaru y Marcela Castro. Hijos de Cecilia Túpac Amaru, se dice que de un fraile español fue Andrés Túpac Amaru, más conocido como Mendagure. José Gabriel Condorcanqui se casó en mayo de 1760 o sea a los 20 años de edad, con la joven abancayna Micaela Bastidas Puyucahua. De esta unión nacieron tres hijos: Hipólito en 1761, Mariano en 1762 y Fernando en 1772.

Al ser tomado prisionero José Gabriel, después de su derrota en Tinta en abril de 1781, es juzgado y sentenciado por el Visitador Areche; siendo ejecutado en la Ciudad del Cuzco el 18 de mayo de 1781, junto con su esposa Micaela Bastidas, su hijo mayor Hipólito y otros más de sus colaboradores en presencia del menor de sus hijos, Fernando.

Del desastre de Tinta se salvaron, entre otros jefes y familiares de José Gabriel: su primo Diego Cristóbal, su hijo Mariano y sus sobrinos Miguel Bastidas y Andrés Túpac Amaru (Mendagure), los que establecieron su residencia en Azángaro y desde allí prosiguieron el movimiento revolucionario siendo Diego Cristóbal el que en mucho sustituyó a José Gabriel: hasta que en agosto de 1782, se firmó la paz, anunciándose así la total pacificación del Virreinato. Pero los españoles no quedaron satisfechos y prepararon la venganza contra Diego Cristóbal y sus familiares; lo que ocurrió en febrero de 1783 arrestándosele en Tinta a él y a una gran cantidad de sus familiares, siendo luego juzgados y ejecutados.

El 16 de marzo de 1784 la Audiencia de Lima sentenció con destierro perpétuo y diez años de presidio a Mendagure y a Mariano Túpac Amani siendo en ese año embarcado con destino a España junto con Fernando (el otro hijo de José Gabriel) y Juan Bautista, entre otros. El destino final de estos familiares de José gabriel Concorcanqui, de los muy pocos que quedaban fue: su hijo Mariano que murió en la travesía a Río de Janeiro; su hermano Juan Bautista, después de estar en presidio de España y Africa, llegó en 1822 a Buenos Aires, mueriendo a la edad de 85 años en setiembre de 1827, su hijo menor Fernando, que al ser desterrado sólo tenía 11 años de edad, llegó a España, sufriendo grandes padecimientos por enfermedades y falta de recursos económicos, desapareciendo sus rastros documentales y no conocerse cual fue su final; y sus sobrino Andrés (Mendagure), según reales órdenes reservadas por las que se pedía información del caso, parece ser que estuvo en Surinam, la Guayana holandesa, refugio de tantos perseguidos de la época.

Así se produce la liquidación prácticamente total de la familia de Túpac Amaru, cumpliéndose la sentencia del sanguinario Areche "Que todos los individuos de su familia, que hasta ahora no hayan venido, ni vinieren a poder de nuestras armas, y de la justicia que suspira por ellos para castigarlos con iguales, rigurosas y afrentosas penas..."